Den første kirke i Qeqertarsuaq blev bygget i 1840’erne. I skibsjournalen fra skibet “Mariane” skrev præsten Knud Nørsted fra Aasiaat således om den gamle kirke: “I en åbningstale for den nye skole takkede jeg det kongelige missionskollegium for at give Qeqertarsuaq kapellet med ønsket om, at det snart bliver erstattet af et større og mere skønt.” (28. Juni 1843). 

Hans ønske blev senere opfyldt, da den nuværende kirke blev bygget i 1914. Den blev tegnet af Helge Bojsen-Møller, der var en dansk arkitekt, som tegnede mange af de grønlandske kirker og andre offentlige bygninger.

Kirken i Qeqertarsuaq var inspireret af de norske stavkirker fra 1100-tallet. Det blev renoveret og forstørret i 1970øerne og renoveret igen i 2021. Den karakteristiske ottekantede form har givet den sit kælenavn: Guds blækhus.